Malignant reviewer comments

We all love our own data and suffer when incompetent, biased, and hostile peer reviewers (our colleagues = us) don´t recognize the novelty and importance of the work we have invested our resources and hopes. Sometimes it happens that reviewers actually are right and their criticism is (almost) fully warranted, but unfortunately more than often we face comments that genuinely are not justified. Here are the ones I find most annoying. Certainly hope I never get ever caught from using them myself.

 

-       I did not have time to read it but after the third reminder by the editor I spit out my ­­criticism based on the abstract to show that I’m critical

-       They don’t cite my work so here is my punishment, 

-       I don’t have time to read this, but authors are not from the field, so I don’t like it 

-       Although the data is solid, the biological phenomenon is too complex and authors should simplify it to one protein-one amino acid mechanism

-       Nothing wrong with the data but I would have written it differently so I don’t like it

-       This would change the dogma and thus I don’t believe it

-       There is one crappy paper published with these two words together so it’s not novel

-       You did not cure any patient so the importance of this novel discovery is questionable. 

-       It’s not p53/EGFR/MYC/RAS/CDK so it cannot be important

-       This is how it was in 80’s and their results don´t fit to that model, so their results are wrong

-       Although the revision experiments invalidated my original point I will stick to my opinion.

-       Although the revision experiments invalidated my original points, I came up with dozen new points

-       As I know to ask for this, it has to be done 

Featured image retrieved from: Science and Ink with credit to Nick Kim

 

Tekeekö genomitieto sen mitä se lupaa?

Tämän päivän Helsingin Sanomissa julkaistiin todella kattava ja hienon kriittinen artikkeli Finngen projektista (https://www.hs.fi/sunnuntai/art-2000006623764.html). Itse olen ollut epäileväinen hankkeen suhteen alusta asti, ja erityisesti siksi että genomidatan potentiaali sairauksien parantamisessa, eli lupaukset joilla Finngeniä markkinoidaan, on jo tähän mennessä osoitettu hyvin rajalliseksi. Onkin erityisen kummallista, että Finngen käyttää samaa retoriikkaa jota Yhdysvalloissa käytettiin 20 vuotta sitten genomitiedon autuaaksi 

Kuvakaappaus USA:n senaatin kuulemisraportista vuodelta 2001

tekevistä vaikutuksista,vaikka tämänhetkinen tutkimus on menossa jo täysin vastakkaiseen suuntaan. Viimeisten vuosien aikana on julkaistu suuri määrä erittäin laajoja ns. genomiproteomiikka-analyysejä eri taudeista, ja yhteenvetona näiden julkaisuiden lopputulema on ollut se miten vähän geenit loppujen lopuksi minkään taudin luonteesta kertovat. Esimerkiksi syövässä tietyn tyyppisten geneettisten muutosten korrelaatio syövän ilmiasuun loppujen lopuksi vaikuttaviin proteiineihin on vain noin 20-30% luokkaa. Eli jos genomista yritetään päätellä miten syöpäsolu toimii, osutaan useammin harhaan kuin oikeaan. Asia on tietenkin täysin eri tiettyjen harvinaisten monogeenisten tautien kohdalla, joissa tietty mutaatio määrittää käytännössä koko taudinkulun. Nämä kuitenkin ovat harvinaissairauksia, joilla hyvin vähän kansantaloudellista merkitystä. Eli vaikka potilaille ja heidän omaisilleen taudit toki erittäin valitettavia tragedioita, näiden esimerkkien käyttäminen tällaisen hankkeen kansanterveyden merkityksen perusteluna ontuu pahasti. Nobel-komitean jäsenenäkin toiminut molekyyligenetiikan professori Juha Kere ilmaisee myös HS:n artikkelissa genomitiedon merkityksen hyvin selkeästi ” Keren mukaan isoja lääkeyhtiöitä ei kiinnosta Suomen kansanterveys, vaan oman tuotekehityksensä tehostaminen. Kansanterveyden näkökulmasta kansalaisten genomien kerääminen on hyödytöntä, hän sanoo. Tehokkaampaa olisi Keren mukaan panna miljoonat esimerkiksi lasten ja nuorten psykiatrian tai vanhustenhuollon parantamiseen. Tai voisi perustaa äijäneuvoloita keski-ikäisille miehille, Kere ehdottaa”

 

On toki selvää, että Finngen hankkeesta tulee olemaan jossain vaiheessa lääketieteellistä hyötyä, ja parhaimmillaan se voi todella täyttää joitakin siihen asetettuja taloudellisia ja mainehyötyjä.  Kuitenkin jos Suomessa olisi haluttu oikeasti tehdä jotain mullistavaa ja uutta, olisi jo pitkälti tyhjäksi kalutun genomitiedon louhimisen sijaan voitu hypätä suoraan tieteen eturintamaan. Esimerkkejä uusista alueista on muitakin, mutta esimerkiksi olisi voitu panostaa proteiinitason muutosten analyyseihin eri taudeissa. Tähän on maailmalla jo hyvin kehittyneet teknologiat olemassa, ja Suomessakin on erittäin hyvää alan osaamista ja laitekantaa. Kuitenkaan proteiinitason ymmärrys ei ole vielä sillä tasolla etteikö globaalin johtoaseman saavuttaminen olisi ollut mahdotonta. Aivan samalla tavalla kuin genomitiedon kohdalla, se todellinen Suomen uniikki kilpailuvaltti, eli kattavat potilastiedostot ja rekisterit, olisi luonut tällekin hankkeelle todellisen maailmanlaajuisen kilpailuvaltin. Se että Fingen tapauksessa päädyttiin lanseeraamaan uudelleen vanha ajatus genomin autuaaksitekevästä vaikutuksesta valitettavasti kuvaa laajemminkin Suomen tiedepolitiikan tasoa. Suomessa menestyvät hankkeet jotka saadaan markkinoitua ministeriöille mahdollisimman suurina tutkimushimmeleinä ilman että kukaan oikeasti kriittisesti kysyy, tai oikeastaan edes osaa ministeriöissä kysyä, onko hankkeen ympärille rakennettujen lupausten takana oikeasti villoja ja olemmeko hankkeessa oikeasti tekemässä jotain uutta. 

Mitä jos Suomen Akatemia miettisi sen sijaan tutkimusedellytyksiä?

Tämän kirjoituksen kimmokkeena on tämän päivän tviitti Suomen Akatemialta siitä miten nyt ihan porukalla mietitään miten AKA rahoitusta hakeneiden vastaukset kestävän kehityksen kysymyksiin AKA hakemuksissa tulee vaikuttamaan tulevaisuuden hakuprosessihin. Pidän kestävää kehitystä erittäin tärkeänä asiana, mutta se että sitä kysytään AKA hakemuksissa on juuri sellainen järjetön OKM:n ajatuspieru johon varmasti saadaan kulumaan paljon kahvia, kokouksia ja virkahenkilöiden työaikaa, mutta jolla ei ole mitään tekemistä sen kanssa mistä AKA rahoituksessa pitäisi olla kyse. Akatemian tehtävä olisi etsiä keinoja siihen miten maksimaalisesti tukea Suomalaisten tutkimusryhmien toimintaedellytyksiä ja sitä kautta nostaa Suomen tieteen tasoa. Keinoja, myös täysin maksuttomiakin olisi, ja juuri niiden miettimiseen toivoisin Akatemian virkahenkilöiden käyttävän kaiken ylijäävän työaikansa tällaisen täysin merkityksettömän puuhailun sijaan. Voin kertoa että tuntemieni tutkijoiden vastaukset jokaisessa Akatemian hakemuksessa olevaan pakolliseen kohtaan koskien sitä miten tutkimus tukee kestävää kehitystä revitään ei edes seinästä, vaan jostain lattian raosta, ja niillä on todellisuuden kanssa yhtä paljon tekemistä kuin on hyvällä tiedepolitiikalla Suomen hallituksen kanssa. Se korulause, jonka itse copy-paste tekniikalla liitän jokaiseen AKA hakemukseeni on siellä vain sen takia että arvioitsijat joutuvat kommentoimaan onko siinä kohdassa tekstiä vai ei, mutta uskoisin jokaisen arvioitsijankin ohittavan ne tekstit juuri sillä samalla välinpitämättömyydellä millä tutkijat ne kirjoittavat. Tiedän että määräykset tulevat ministeriöstä ja voin jatkaa tekstipätkän kopioimista ko. kohtaan jaktossakin, mutta tutkijana olettaisin Akatemian käyttävän voimavaransa ja Akatemian hallituksen aikaa muuhun kuin tällaiseen hölynpölyyn. Perustakaa vaikka mieluummin vastaava työryhmä miettimään kuinka kokonaiskustannusmallista olisi vähiten vahinkoa Suomalaisen tieteen tasolle. 

Kuka olisi Suomen tiederahoituksen Howard Hughes??

Howard Hughes, Jr. Time-lehden kannessa
heinäkuussa 1948 (lähde Wikipedia Commons)

Fritz Juselius, Alfred Kordelin, Emil Aaltonen, Jane ja Aatos Erkko. Tiederahoitus Suomessa pohjautuu hyvin pitkälle edellä mainittujen, ja monien muiden yksityisten lahjoittajien, perustamien säätiöiden rahoitukseen. Tämä on erityisesti tilanne Suomen Akatemian hankerahoituksen jatkuvasti laskiessa ja vähitellen muuttuessa anekdootiksi tutkimusryhmien tutkimuskulujen rahoituksessa. Ilahduttavasti näiden jo etaboloituneiden tieteen yksityisten rahoituslähteiden rinnalle on viime aikoina syntynyt myös uusia rahoituslähteitä, kuten esimerkiksi lasten syöpien tutkimusta tukeva Aamu-säätiö, sekä viimeisenä lääkärikeskus Pulssin perustajan Sakari Alhopuron nimeä kantava säätiö. Se että yhä useampi varakas Suomalainen on päätynyt lahjoittamaan ansaitsemansa omaisuuden tieteellisen tutkimuksen tukemiseksi on, sekä erittäin arvostettavaa, että Suomalaisen tutkimuksen tason kehittämisen kannalta lähes elintärkeää. Kuitenkin tiederahoituksen instrumentista puuttuu Suomessa yksi merkittävä rahoitusmalli joista maailmalta esimerkkeinä ovat Howard Hughes Medical Institute rahoitus Yhdysvalloissa, tai Oncode rahoitus Alankomaissa. 

Howard Hughes, Jr. oli yhdysvaltalainen talousmagnaatti, lentäjä, insinööri, elokuvaohjaaja ja -tuottaja sekä hyväntekijä. Miljardööri Hughes oli aikanaan yksi maailman varakkaimmista henkilöistä(https://en.wikipedia.org/wiki/Howard_Hughes). Tiedemaailmassa hänet kuitenkin tunnetaan hänen perustamansa Howard Hughes Medical Instituten perustajana (https://www.hhmi.org). HHMI tukee Yhdysvaltojen parhaita tutkijoita hyvin merkittävällä, ja pitkäaikaisella, rahoituksella, joka mahdollistaa heidän keskittymisen valitsemiinsa tutkimuslinjoihin. HHMI rahoituksen valintakriteereistä, sekä merkityksestä tieteen edistämisessä kertonee parhaiten se että 14 tämänhetkistä HHMI tutkijaa ovat Nobelisteja, ja HHMI alumnien joukossa heitä on 16. 

HHMI säätiön toimintaperiaatteissa alleviivataan vahvasti kahta asiaa; uskoa siihen, että lahjakkaimmat yksilöt johtavat tieteen muutosta, ja siihen että todelliset tieteen edistysaskeleet vaativat pitkäkestoisia ja kärsivällisiä satsauksia näihin yksilöihin ja heidän johtamiinsa tutkimusryhmiin ilman jatkuvaa vaatimusta uudistumisesta 

”HHMI places big bets on excellent scientists – giving them generous resources and letting them decide what to study. We believe this unusual “people, not projects” approach is the surest path to new knowledge”

 ”Significant new knowledge cannot be supplied on demand—it unfolds over time, through exploration, experimentation, and rigorous debate”. 

Euroopassa HHMI:tä lähinnä muistuttava rahoitusinstrumentti on Alankomaissa paikallisen syöpäsäätiön ja valtion yhdessä perustama Oncode rahoitusmalli jossa ohjelmaan valitut tutkimusryhmät saavat ilman yksityiskohtaista projektisuunnitelmaa merkittävän vuosittaisen rahoituksen, tai Belgian hallituksen Methusalem ohjelma jossa jo poikkeukselliset taitonsa osoittaneille varttuneille tutkijoille myönnetään merkittävää tutkimusrahoitusta periatteella ”no-string-attached”, eli tee mitä haluat, kunhan se on merkittävää. 

Vaikka HHMI, Oncode, ja Methusalem rahoitusmallit poikkeavat käytännön toteutuksensa perusteella toisistaan, niin yhteistä niille on se että niissä luotetaan siihen että menestynyt tutkija on menestynyt jatkossakin omalla vahvuusalueellaan, kunhan hänellä vain on riittävät resurssit tutkimuksensa toteuttamiseen. Siten nämä periaatteet ovat lähes täysin päinvastaisia tämänhetkisiin OKM:n tiederahoituksen periaatteisiin, joissa ajavana voimana on jatkuva itsensä uudelleen löytäminen ja prolifointi, sekä usko megalomaanisten tukijoiden yhteenliittymien autuaaksi tekevään vaikutukseen. HHMI-tyyppisen rahoitusmallin luominen toisikin Suomalaiseen tiederahoitukseen vastavoiman, joka mahdollistaisi huipputieteen tekemisen riippumattomana OKM:n tiedepolitiikasta. Mielenkiintoisen lisämausteen keskusteluun tuokin se että juuri äskettäin myös Yhdysvalloissa on alettu näkyvästi kyseenalaistamaan Akatemian Lippulaiva-tyyppisten rahoitushimmeleiden teho merkittävien tieteellisten haasteiden ratkaisemisessa.  https://www.washingtonpost.com/opinions/the-problem-with-trying-to-cure-cancer-with-a-moonshot/2020/02/11/87632bba-2d84-11ea-9b60-817cc18cf173_story.html

Vastalauseina esitetylle, jo menestyneitä tutkijoita vahvasti tukevalle rahoitusmallille voisi olla se, että nämä hypoteettiset uudet rahoituslähteet olisivat nuorten uraansa aloittelevien tutkijoiden saavuttamattomissa. Onkin selvää, että nuorten tutkijoiden ja aloittelevien tutkimusryhmien vetäjien rahoittaminen on äärimmäisen tärkeää, ja jo olemassa olevia rahoitusmuotoja ei tulisi muuntaa HHMI tai Oncode-tyyppisiksi. Sen sijaan esittäisin haasteen poikkeuksellisen varakkaille Suomalaisille, josko heidän perintönsä voisi elää HHMI tyylisen rahoitusinstrumentin muodossa, ja siten jättää ratkaisevan jäljen Suomalaisen tieteen edistämiseen. Rahoitusmalli on jo osoittanut voimansa HHMI:n kautta mutta vaatii rohkeutta jota OKM:llä ei ole joten rohkeus jättää nimensä Suomalaisen tieteen historiaan tulisi löytyä laajakatseisilta yksilöiltä jotka lahjoittajina uskovat myös parhaisiin tutkijoihimme yksilöinä.